Скорее всего проблема в том, что правки у вас как в софте так и в калибровках. Для этого ЭБУ загрузчик пишет только калибровки. А из-за того, что область софта не обновляется, я контролька рассчитывается по полному дампу получается ошибка по КС. Решить это можно правкой прошивки только в области калибровок.